当您因两次闯红灯而被扣除12分时，根据我国的交通法规，您的驾驶证将会被暂扣。接下来，您需要按照以下步骤进行处理：

首先，您应在收到扣分通知后的十五日内，前往您的机动车驾驶证核发地或者违法行为地的公安机关交通管理部门。在那里，您将需要参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。

完成学习后，车辆管理所会在二十日内安排您进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。这个考试是为了检验您是否掌握了必要的交通安全知识，并能否在实际驾驶中遵守这些规定。

如果您考试通过，那么您的违法记录将被清除，驾驶证也会归还给您。但如果您未能通过考试，那么您需要继续学习并再次参加考试，直到考试通过为止。

此外，值得一提的是，《机动车驾驶证申领和使用规定》明确指出，对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为，处罚与记分是同时执行的。如果您在一次驾驶过程中有多个违法行为被记分，那么这些记分将会分别计算并累加分值。

最后，我希望您能以此为鉴，加强交通安全意识，严格遵守交通规则，避免再次发生类似的违法行为。因为安全驾驶不仅是对自己负责，也是对他人和社会的负责。