您好，对于跨市住院农村合作医疗是否能直接报销的问题，我可以给您一个详细的解答。
首先，根据国家医保局的相关政策，跨省异地就医在办理异地就医备案后，是可以享受直接结算服务的。这一政策同样适用于跨市住院的情况，只要您按照流程办理了异地就医备案，就可以在异地的联网定点医疗机构进行直接结算。
关于异地就医备案的办理流程，通常包括以下几个步骤：
开始备案：您可以通过国家医保局的相关平台或小程序，点击“异地就医备案申请”按钮，进行实名认证后开始备案。
选择备案类型：根据您的实际情况，选择适合的备案类型，如跨省异地长期居住人员或跨省临时外出就医人员等。
提交备案材料：阅读备案告知书后，填写备案信息、联系人信息，并上传相关材料。确认无误后，提交备案申请。
查看备案进度：提交备案后，您可以通过小程序查询备案的进度和状态。
在办理完异地就医备案后，当您在异地的联网定点医疗机构住院时，只需主动表明参保身份，并出示医保电子凭证或社会保障卡等有效凭证，即可享受直接结算服务。
至于报销比例，这通常根据您所在地的具体医保政策而定。以安徽省芜湖市为例，未办理转诊的临时外出就医人员，在省外定点医院住院治疗的报销比例是按照政策范围内费用的50%核报，且设有保底比例25%。同时，大病保险也会按照一定的比例进行分段报销。
总的来说，跨市住院农村合作医疗在办理异地就医备案后是可以直接报销的，但具体报销比例和流程还需根据您所在地的医保政策来确定。建议您在办理前咨询当地的医保部门或相关机构，以获取最准确的信息。