当营业执照遗失后，若您需要办理清税证明，可以按照以下步骤进行：
首先，您需要明确的是，清税证明是税务注销的一部分，通常是在市场主体终止经营活动并退出市场前需要完成的。由于您的营业执照遗失，您可能需要先补办营业执照或进行相关的遗失声明，但这并不直接影响清税证明的办理流程。
接下来，您可以根据自身的纳税情况选择适合的税务注销方式，这通常包括简易注销和普通注销（含即办注销和一般注销）。简易注销通常适用于未办理过涉税事宜或办理过涉税事宜但未领用发票、无欠税等情形的纳税人，而普通注销则适用于其他情况。
对于清税证明的办理，您可以按照以下具体步骤操作：
登录电子税务局：通过您所在地的电子税务局网站或APP登录您的税务账户。
选择清税申报功能：在电子税务局的菜单中找到“我要办税”或类似选项，然后选择“综合信息报告”->“状态信息报告”->“清税申报（税务注销办理）”。
填写注销原因：根据您的实际情况选择注销原因，这可能包括依法解散、被吊销营业执照等。选择好注销原因后，点击“预检”或类似按钮进行下一步。
处理未办结事项：如果系统提示您有未办结的税务事项，您需要按照提示办理完这些事项。这可能包括补报税款、提交相关报表等。
提交清税申报：当所有未办结事项处理完毕后，您可以提交清税申报。系统会根据您的申报情况自动进行审核。
下载清税证明：如果审核通过，系统将生成清税证明。您可以在电子税务局的“我的查询”或类似功能中下载并打印清税证明。
需要注意的是，不同地区的税务局可能会有一些细微的差异或特殊要求。因此，在办理过程中，建议您密切关注税务局的公告和提示，并咨询当地税务局以获取最准确的信息和指导。
另外，由于营业执照的遗失，您可能还需要与工商部门联系，了解补办营业执照或进行遗失声明的具体流程和要求。这通常不会直接影响清税证明的办理，但为了确保整个注销流程的顺利进行，建议您同时处理这些事项。