行政机关立案的一般程序主要包括以下几个环节：

一、立案环节

行政执法机关在履行职责过程中，如检查中发现、接到投诉或举报，以及收到上级交办、下级上报或其他部门移送的涉嫌违法案件，应进行初步审查。若案件符合立案条件，即存在涉嫌违法行为且属于该机关管辖范围，行政执法机关应在规定期限内决定立案。

二、调查环节

立案后，行政执法机关需指定专人负责案件调查。调查人员需与当事人无直接利害关系，且执法人员不得少于两人。在调查过程中，执法人员应出示执法证件，确保调查的合法性和正当性。同时，应允许当事人进行辩解陈述，询问或检查时应制作详细的笔录，并保守相关秘密。

三、审查环节

调查结束后，执法部门负责人需对案件进行全面审查。审查内容包括违法行为的事实、性质、情节、社会危害程度、办案程序以及处罚意见等。根据审查结果，负责人将提出处理意见，如不予处罚、予以处罚、补充证据、重新调查、移送、撤销案件等。

四、告知环节

在作出行政处罚决定前，行政执法机关应依法告知当事人拟作出的行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利，如陈述权、申辩权以及申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限等。

五、决定环节

根据审理情况，行政执法机关将依法作出是否给予行政处罚的决定。若决定给予行政处罚，应制作行政处罚决定书，并载明违法事实和证据、处罚依据和内容、申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限等关键信息。行政处罚决定书应盖有作出行政处罚决定的部门公章，确保决定的合法性和权威性。

六、送达环节

行政处罚决定书作出后，行政执法机关应及时向被处罚人宣告并当场交付。若无法当场交付，应在规定期限内送达被处罚人。对于决定给予行政拘留处罚的，还应及时通知被处罚人的家属。

七、执行环节

行政处罚决定生效后，行政执法机关应监督当事人在决定的期限内履行处罚决定。若当事人在法定期限内不申请行政复议或提起行政诉讼，又不履行处罚决定的，行政执法机关可依法采取一系列强制措施，如加处罚款、查封扣押或向人民法院申请强制执行等。

综上所述，行政机关立案的一般程序涵盖了从立案到执行的各个环节，确保了行政执法的合法性和公正性。