连锁店税务的缴纳方式并不是每个店都要单独交，而是根据具体的税务规定和连锁店的经营模式来确定的。以下是对连锁店税务缴纳方式的详细解答：

首先，对于在省、自治区、直辖市、计划单列市内跨区域经营的统一核算的连锁企业，其增值税的缴纳方式通常是由总机构向其所在地主管税务机关统一申报缴纳。这是根据财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》的相关规定来执行的。

其次，对于内资连锁企业省内跨区域设立的直营门店，如果它们在总部的领导下统一经营、与总部微机联网，并由总部实行统一采购配送、统一核算、统一规范化管理，同时不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿，那么这些门店的企业所得税通常也是由总部向其所在地主管税务机关统一缴纳的。这一规定是依据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》和《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》来执行的。对于从事跨区域连锁经营的外商投资企业，同样适用这一规定，即由总机构向其所在地主管税务机关统一缴纳企业所得税。

此外，值得注意的是，上述跨区域经营的连锁企业实行统一缴纳增值税、所得税后，各级财政部门还需要认真贯彻执行相关文件精神，及时制定统一纳税后所属地区间财政利益调整办法，以确保连锁企业门店所在地的财政利益在纳税地点变化后不受影响。

综上所述，连锁店税务的缴纳方式并不是简单的每个店都要交，而是根据连锁店的经营模式、税务规定以及财政利益分配等因素来综合确定的。因此，具体的税务缴纳方式需要依据当地税务部门的规定和连锁店的实际情况来确定。如果您有具体的税务问题或需要更详细的解答，建议咨询当地税务部门或专业的税务顾问。