当在起诉执行过程中发现公司账户余额为零时，法院会采取一系列措施来确保债权人的合法权益得到充分保护。以下是对这一问题的详细解答：

首先，法院会对公司的固定资产进行全面的搜查与查封。这包括但不限于房地产、机动车辆、机械设备等有形资产。在必要时，法院会组织对这些资产进行公开拍卖，以筹集资金用于偿还债务。

其次，法院会积极展开调查工作，寻找公司的其他财产线索。这包括应收账款、对外投资、存货等各类可能隐藏的财产。法院会通过各种途径，如查阅公司财务记录、询问公司相关人员等，来尽可能多地发现公司的财产，并确保这些财产能够用于偿还债务。

此外，法院还会对公司在强制执行之前是否存在恶意转移财产的行为进行深入审查。如果发现公司确实存在恶意转移财产的行为，法院将依据相关法律法规予以追回，并可能对相关责任人进行处罚。

在整个执行过程中，法院会依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况。同时，法院也有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产，以确保执行工作的顺利进行。

需要注意的是，法院在查询、扣押、冻结、划拨、变价财产时，必须严格遵循法律法规的规定，不得超出被执行人应当履行义务的范围。同时，法院在执行过程中也会充分保障被执行人的合法权益，确保执行工作的公正性和合法性。

综上所述，当在起诉执行过程中发现公司账户余额为零时，法院会采取多种措施来寻找和处置公司的财产，以确保债权人的合法权益得到充分保护。如果您作为债权人遇到这种情况，建议及时与法院联系并配合执行工作，以便尽快实现您的债权。