申请困难户时，相关部门确实有权查询银行存款。这一流程是依据《社会救助暂行办法》和《国务院关于进一步加强和改进最低生活保障工作的意见》等法规进行的，旨在确保社会救助制度的公平公正实施，准确认定社会救助对象。

具体来说，民政部门在审核社会救助申请时，会通过与银行业金融机构的合作，查询申请家庭及其成员的存款等金融资产信息。这一查询过程需要遵循以下原则：

1. 及时高效：银行业金融机构需根据民政部门的查询需求，及时反馈相关信息，确保数据的准确性、完整性和有效性。
2. 授权查询：民政部门在查询前需获得社会救助家庭所有成员的授权，确保查询的合法性。
3. 安全保密：查询过程需严格遵循信息保密规定，保护公民个人信息不被泄露。

查询内容主要包括申请家庭及其成员的账户类型、账号、开户银行名称、余额，以及截止时点拥有的理财产品名称、理财账号、理财产品份额或价值等。查询方式则可能通过介质交换或网络化交换进行。

以四川省为例，申请困难群众社会救助时，申请人需承诺所填信息真实准确，并上传包括银行流水在内的相关证明材料。同时，申请人还需提供财产查询授权书，授权民政部门查询其家庭成员的财产状况。

综上所述，申请困难户时，相关部门会查询银行存款等金融资产信息，以确保救助资源的合理分配和使用的公正性。申请人应如实提供相关信息和授权，配合完成查询工作。