电动车违章是否会扣小车驾驶证的分，主要取决于电动车的类型以及具体的交通违规行为。
非机动车类型电动车（如新国标电动自行车）：
- 这类电动车违章不会扣除汽车驾驶证的分数。因为非机动车和机动车的管理分属不同范畴，非机动车违章通常按照非机动车管理规定进行处理，如罚款、警告等。
机动车类型电动车（如电动摩托车、电动三轮车等）：
- 这类电动车被视为机动车，驾驶人需要具备相应的机动车驾驶资格。如果驾驶人持有汽车驾驶证并驾驶这类电动车发生违章行为，会按照机动车违章的相关规定处理，从而可能扣除汽车驾驶证的分数。具体扣分情况根据违章行为的严重程度而定。
例如，如果你持有的是C1汽车驾驶证，但驾驶了被视为机动车的电动摩托车并发生了违章行为，如闯红灯，那么你可能会因为这一违章行为而被扣除汽车驾驶证的分数。
另外，还有一些特殊情况需要注意：
- 如果你驾驶的是超标电动自行车，且该车辆被认定为机动车，而你没有取得相应的机动车驾驶证，那么你将面临无证驾驶的处罚，这可能会间接影响到你的机动车驾驶证（如果你有的话）。
- 如果你在驾驶电动车时发生了严重的交通违法行为（如醉酒驾驶），且这些行为同时违反了机动车驾驶证管理的相关规定，也可能会对你的机动车驾驶证产生影响。
综上所述，电动车违章是否会扣小车驾驶证的分需根据电动车类型和具体的交通违规行为来判断。在驾驶电动车时，请务必了解并遵守相关的交通法规和规定，以确保自身的合法权益和安全。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。