港澳居民来往内地通行证的国籍归属问题，实际上是根据持证人的具体身份和情况来确定的。

首先，港澳居民来往内地通行证主要是定居在香港、澳门的中国公民来往内地时所使用的通行证件。对于在香港、澳门出生的具有中国血统的永久性居民，或者内地居民经批准赴港澳定居者，以及在中国其他地区或外国出生的香港、澳门永久性居民中的中国公民，他们均属于中国公民，因此可以申领港澳居民来往内地通行证。

此外，对于港澳永久性居民中的外国籍或无国籍人士，如果他们经批准恢复或加入中国籍，同样可以申领该通行证。

然而，也有特殊情况。根据最新的政策，从2024年7月10日起，港澳永久性居民中的非中国籍人员也可以申办来往内地通行证件。这类人员可以自愿申办港澳居民来往内地通行证（非中国籍），并按照相关规定进行申请和换发。

综上所述，港澳居民来往内地通行证的国籍归属并不是单一的，而是根据持证人的具体身份和情况来确定的。对于大多数定居在香港、澳门的中国公民来说，他们持有的通行证是属于中国国籍的。但对于港澳永久性居民中的非中国籍人员，他们也可以根据自己的需求申办相应的通行证件。