法院在一定情况下是可以查询微信流水的。以下是关于此问题的详细解答：

首先，要明确的是，法院在调查取证时，必须明确需要调查的具体内容。对于微信支付相关的内容，如微信钱包的账户转账记录，法院可以向财付通支付科技有限公司进行调取。

其次，涉及向腾讯公司的协助调查，目前主要有两种方式：

1. 邮寄方式：法院可以通过司法专递邮寄协助调查函给腾讯公司，调查结果会直接邮寄给法院案件承办法官。但需要注意的是，对于支付账号的保全冻结，目前仍需法院工作人员双人双证前往腾讯公司法务部办理。
2. 调查令方式：法院可以出具调查令，由法官持证前往腾讯公司法务协查中心进行调查取证。在此过程中，需要遵守腾讯司法协查的相关业务联系信息和格式要求，例如调查令必须全文打印，不得有任何手写、修改的内容。

在法官持证调查取证时，还需要注意以下几点：

1. 民事案件不能调取通话记录和聊天记录，只能调取与微信支付相关的记录。
2. 法官调查取证需要带上工作证及最高院印制的执行公务证，并最好将证件复印以提高效率。
3. 民事审判过程中，不接受法院介绍信，只接受协助查询通知书，且协助查询通知书的开头应是财付通支付科技有限公司。

最后，除了法院主动调查外，个人也可以通过微信自身的功能进行线上取证，如通过“账单下载”功能选择需要的时间段进行账单下载，并作为证明材料使用。但这种方式主要用于个人之间的纠纷解决，对于法院调查取证来说，还是需要遵循上述的正式流程。

综上所述，法院在一定情况下是可以查询微信流水的，但需要遵循相关的法律程序和规定。