当法人注册地与经营地不一致时，税收的归属和处理需要遵循一定的税务规定和流程。以下是对这一问题的详细解答：

一、税务登记与变更

首先，企业应在注册地办理税务登记，并如实提供相关资料。若实际经营地发生变更，企业需按照《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的规定，在变更后30日内向原税务登记机关申报办理变更税务登记。

对于跨地区经营的企业，如果实际经营地与注册地不在同一县（市、区）内，企业在外出生产经营前需持税务登记证到主管税务机关开具《外出经营活动税收管理证明》（外管证）。在经营地，企业应向当地税务机关报验登记，并提交相关税务资料。

二、纳税申报与缴纳

1. 流转税：如增值税、消费税等，一般在应税行为发生地缴纳。对于固定业户，向其机构所在地的主管税务机关申报纳税；若总机构和分支机构不在同一县（市），则分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。若经批准，可由总机构汇总向总机构所在地申报纳税。

2. 企业所得税：由法人作为纳税主体，通常向注册地主管税务机关申报缴纳。对于跨地区经营汇总纳税企业的分支机构，需在当地预缴企业所得税，年度终了后由总机构统一计算汇总纳税企业的应纳税所得额，并进行多退少补。

三、发票管理与使用

企业通常在注册地领购发票。对于临时经营活动需要开具发票的，可根据当地税务机关的规定申请代开发票，并提供相关证明材料。同时，企业应确保发票内容真实准确，与实际经营业务相符，并妥善保管发票存根联及相关资料。

四、法律风险与应对措施

若企业未按规定办理变更登记或税务处理不当，可能会面临行政处罚、罚款以及诉讼风险等。为降低这些风险，企业可以采取以下措施：

1. 确保注册地址与实际经营地址一致，或及时变更公司注册地址以符合实际情况。
2. 加强与税务机关的沟通，及时了解并遵守相关税务规定和政策。
3. 寻求专业律师或咨询机构的帮助，指导完成相关变更手续和文件准备。

综上所述，当法人注册地与经营地不一致时，企业应严格遵守税收法律法规，及时完成税务变更登记和纳税申报工作。同时，关注两地税务政策差异，制定合理的税务策略以降低风险。