法院冻结银行卡后，余额显示为零，主要有以下几种原因：

1. 全部资金被冻结：当银行卡因各种原因被法院冻结时，银行系统会限制账户内资金的使用，无论资金是活期存款、定期存款还是其他形式。虽然资金实际上仍在账户中，但为了提示客户账户处于冻结状态且资金无法动用，银行会将可用余额显示为零。这是法院为防止被告隐匿或转移财产而采取的一种措施。

2. 错账冻结：如果银行在交易过程中出现错误，将过多的资金误划入储户账户，银行可能会把多出来的部分冻结。若多划入的金额恰好等于账户原有的余额，那么账户被冻结后余额就会显示为零。

3. 银行系统问题：银行系统偶尔可能会出现故障或错误，导致账户信息显示不准确，包括余额显示为零。这种情况相对较少见，但也有可能发生。

如果发现银行卡账户被冻结且余额显示为零，建议及时联系银行客服或前往银行网点，了解冻结的具体原因，并按照银行的要求提供相关证明材料或采取相应的措施来解决问题。如果涉及司法冻结等法律问题，还需要与相关司法机关进行沟通和配合。