结论前置：电动车扣分是否会扣机动车驾驶证，主要取决于电动车的性质。如果电动车被认定为非机动车，其违规行为通常不会扣除机动车驾驶证分数；但如果电动车被认定为机动车，那么违规时则可能会扣除驾驶证分数。
详细分析：
非机动车情况：
- 大部分生活中常见的电动车，如电动自行车，通常被归类为非机动车。
- 非机动车违规时，主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》中关于非机动车管理的规定进行处罚，如罚款、警告等。
- 这类处罚与机动车驾驶证的记分管理体系是相互独立的，因此不会扣除机动车驾驶证分数。
机动车情况：
- 某些电动车，如电动轻便摩托车和电动摩托车，根据《机动车运行安全技术条件》等相关标准，被明确归类为机动车。
- 驾驶这类电动车需要持有相应的机动车驾驶证。
- 如果驾驶人违反交通规则，公安机关交通管理部门会依据相关法规对其持有的机动车驾驶证进行记分处理。
特殊场景：
- 在某些地区，对于电动车的管理可能存在特殊规定。因此，建议电动车车主在驾驶前务必了解清楚自己车辆的性质以及当地的交通规定。
法律建议：
- 无论驾驶何种类型的电动车，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。
- 如果对自己的车辆类型或相关法规有疑问，可以咨询当地的交通管理部门或专业律师以获取更准确的法律意见。
综上所述，电动车扣分是否会扣机动车驾驶证，需根据电动车的具体性质以及当地的交通法规来判断。在不确定的情况下，建议咨询当地交通管理部门或专业律师以获取明确指导。