注销营业执照时的清税证明是不需要支付费用的。这个流程主要是根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其相关实施细则来进行的。当个体工商户或企业发生解散、撤销以及其他情形，依法终止纳税义务时，需要向税务机关申报办理注销税务登记，并完成清税申报。税务机关在清税完毕后，会向纳税人出具《清税证明》。

具体来说，办理清税证明的流程包括准备相关申请材料，如注销决议或决定、债权人公告（如适用）、营业执照正副本等，并填写相应的申请表。然后，您可以选择通过上门申请、网上申请或移动终端申请的方式，向主管税务机关提交这些材料。税务机关在受理您的申请后，会进行审查，并在法定时限内（通常是增值税一般纳税人10个工作日内，增值税小规模纳税人和其他纳税人5个工作日内）完成清税工作，并出具《清税证明》。

请注意，虽然清税证明本身不收费，但在办理过程中可能会产生其他费用，如因需要提交复印件而产生的复印费，或者因选择快递送达而产生的快递费等。这些费用并非由税务机关收取，而是由相关服务机构或快递公司收取的。

总的来说，注销营业执照时的清税证明是不收费的，但请确保您按照规定的流程和时间节点完成清税申报工作，以免影响您的注销进程。