灵活就业人员在缴纳社保时，是需要包含医疗保险的。以下是对此问题的详细解答：
一、灵活就业人员社保包含的内容
根据相关法律规定，灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险和基本养老保险。灵活就业人员社保具体包括：
- 职工基本医疗保险：灵活就业人员需要缴纳的基本医疗保险费，是其社会保障的重要组成部分。
- 基本养老保险：除了医疗保险，灵活就业人员还需要缴纳基本养老保险费，以确保未来的养老生活。
需要注意的是，灵活就业人员通常不能缴纳工伤保险、生育保险以及失业保险。
二、缴纳方式与规定
缴纳基数与比例：
- 灵活就业人员缴纳基本养老、医疗保险费的基数，通常在本市上年度全口径城镇单位就业人员月平均工资的60%至300%之间，由本人自行选择。
- 缴纳职工基本养老保险费的比例一般为24%，缴纳职工基本医疗保险费的比例为11%（具体比例可能因地区而异，如上海市的规定）。
缴费方式：
- 灵活就业人员实行按月缴费，不得以事后追补缴费的方式增加缴费年限。
- 缴费可以通过网上办理，也可以在社会保险经办机构、公共就业服务机构或街道、乡（镇）社区事务受理服务中心办理。
个人账户与缴费年限：
- 灵活就业人员参保缴费后，社会保险经办机构会为其建立基本养老、医疗保险个人账户，并按照国家和本市规定记账并计算缴费年限。
- 缴费年限满足一定条件（如满15年）后，灵活就业人员可以申请按月领取基本养老金，并享受相应的医疗保险待遇。
三、注意事项
- 避免重复参保：同一个人不能在两个地方同时参加医疗保险，因此灵活就业人员在选择参保地时需注意避免重复参保。
- 政策差异：不同地区的灵活就业人员社保政策可能存在差异，因此建议咨询当地社保部门或相关机构以获取最准确的信息。
综上所述，灵活就业人员在缴纳社保时是需要包含医疗保险的，这是其社会保障的重要组成部分。在缴纳过程中，需遵守相关规定和流程，以确保自身权益得到保障。