港澳居民来往内地通行证的办理流程根据申请人的身份（中国籍或非中国籍）以及具体申请情况（首次申请、换发、补发等）而有所不同。以下将分别详细阐述：

中国籍港澳居民来往内地通行证办理

一、申请条件

中国籍的香港、澳门居民在以下情况下可以向公安机关出入境管理部门申请换发、补发港澳居民来往内地通行证：

1. 所持通行证有效期不足六个月或者已经过期；
2. 身份信息变更；
3. 通行证遗失、损毁；
4. 其他需要在内地换发、补发通行证的情形。

二、申请方式

1. 申请人需亲自到县级以上公安机关出入境管理部门提出申请；
2. 未满18周岁的申请人需由监护人陪同办理；
3. 因患病等原因无法亲自前往的，可以提交相应证明材料和委托书，委托他人代为申请。

三、申请材料

1. 填写完整的《港澳居民来往内地通行证申请表》及照片；
2. 有效的香港、澳门居民身份证；
3. 申请换发的需提交现持用的通行证；
4. 申请补发的需在申请表中填写遗失声明；
5. 身份信息变更的需提交相关证明文件；
6. 委托他人代办的需提交病情证明、委托书及被委托人身份证件；
7. 其他必要的申请材料。

四、办理时限与领取

1. 申请自受理之日起7个工作日内审批签发，特殊情况可延长至20个工作日；
2. 申请人可以到公安机关出入境管理部门领取证件，或选择邮寄取证；
3. 超过12个月未领取的，视为自动放弃。

五、证件收费

1. 10年有效证件：350元人民币（适用于年满18周岁的申请人）；
2. 5年有效证件：230元人民币（适用于未满18周岁的申请人）。

非中国籍港澳永久性居民来往内地通行证办理

一、申请条件

非中国籍的香港、澳门永久性居民因投资、探亲、旅游、研讨、交流等短期入境事由来往内地时，可以申请办理通行证。

二、申请方式

1. 首次办理需在香港或澳门，向中华人民共和国出入境管理局委托的香港中旅集团、澳门中国旅行社递交申请；
2. 通行证到期、损毁、遗失或身份信息变更的，可以向香港中旅集团、澳门中国旅行社或内地设区的市级以上公安机关出入境管理机构提出换发、补发申请；
3. 未满18周岁的申请人需由监护人陪同办理。

请注意，具体的申请流程和要求可能因地区和政策的不同而有所差异。建议申请人在办理前咨询当地公安机关出入境管理部门或相关委托机构以获取最准确的信息。