公司变更股东的程序主要包括以下步骤，我将详细为您列出，并确保每一步都清晰明了：
前期准备与内部决策：
- 文件准备：需准备股权转让协议草案、公司章程修正案草案、新股东的身份证明及资格证明文件等。
- 内部决策：出让方需书面通知其他股东征求同意，并处理优先购买权问题；受让方若为公司法人，需由股东会或董事会作出同意受让决议，若为自然人，则需其本人明确表示同意。
签订股权转让协议：
- 双方就股权转让事宜达成一致后，正式签署股权转让协议，明确约定股权份额、转让价格、付款方式、交割时间、违约责任等关键条款。
修改公司章程与前置审批：
- 修改公司章程：根据公司法规定，修改公司章程并报经股东会审议通过。
- 前置审批（如有）：若公司为外商投资企业，可能需商务部门审批；涉及国有产权的股权转让，需国有资产管理部门批准或备案；若公司经营范围涉及行业准入审批，也需相应部门审批。
股权交割与支付：
- 出让方：按协议约定将股权交付给受让方，包括签发出资证明书或股票，并将受让方信息记载于公司股东名册。
- 受让方：按协议约定的付款方式和时间支付股权转让款。
提交变更登记申请与审核：
- 工商变更登记：自股东变更之日起30日内，向工商行政管理机关或市场监督管理部门提交变更登记申请，包括所有相关文件的原件或复印件。
- 审核与批准：工商行政管理机关或市场监督管理部门对申请材料进行审核，材料齐全且符合法定形式时，批准股东变更登记，并发放新的营业执照或相关证明文件。
更新登记信息与税费缴纳：
- 更新公司登记信息：及时更新公司在相关政府部门的登记信息，包括税务登记信息等。
- 税费缴纳：股权转让行为可能涉及个人所得税、企业所得税、印花税等，需携带相关资料到税务部门办理税务变更登记，并按规定申报缴纳相应税费。
通知与公告（如需）：
- 根据公司具体情况和法律法规要求，可能需在公司内部进行通知或在指定媒体上发布股东变更的公告。
资料归档：
- 完成上述所有程序后，公司应将股权转让的相关文件整理归档，以备后续查阅和监管部门检查。
综上所述，公司变更股东是一个涉及多个环节和多个政府部门的复杂过程。在实际操作中，建议咨询当地工商行政管理机关或专业律师（如您有需要，可直接向我咨询）以获取准确的信息和指导，确保整个过程的合法性和顺利进行。