针对您提出的“双重身份证有两个户口怎么处理”的问题，以下是根据相关法律法规和公安机关的处理原则，为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，双重户口（即持有两个或两个以上户口）是一个需要妥善处理的问题。根据《中华人民共和国户口登记条例》、《中华人民共和国国籍法》以及《中华人民共和国民法典》等法律法规，公安机关在处理重复（虚假）户口时，遵循“去伪存真”的原则。

处理原则：

1. 真实户口保留：经公安机关调查核实的真实户口，应予以保留。
2. 虚假户口注销：经公安机关调查核实的虚假户口，即因提供虚假材料或捏造事实取得的户口，应予以注销。
3. 重复户口处理：迁移后未注销的重复户口，应注销；二次以上重复迁移的户口，应保留第一次迁移的户口，其后迁移的户口应予以注销。

处理流程：

1. 发现线索：公安机关在办理户政、出入境、交通管理以及案件侦办等工作中可能发现重复（虚假）户口线索，或者通过群众投诉举报、居民主动申报等方式获取线索。
2. 调查核实：公安机关根据线索开展详细的调查核实工作，包括查阅户籍档案、询问当事人、制发协查函等。
3. 处理决定：根据核查结果，公安机关作出重复（虚假）户口处理决定，并制发《重复（虚假）户口处理告知书》通知当事人在规定时间内到公安机关办理户口注销手续。
4. 注销手续：当事人需在告知书送达之日起30日内到公安机关办理注销手续。如因无法联系当事人或当事人拒不签收等原因导致告知书无法送达，公安机关将制发《重复（虚假）户口处理公告》，公告期为60日。公告期满后，当事人仍未到公安机关办理注销手续的，公安机关将按规定注销重复（虚假）户口。
5. 出具证明：注销户口后，公安机关应出具《注销户口证明》给当事人并存档备查。如当事人还有其他事务需要处理，公安机关可根据当事人的申请出具《户口（同一人）证明》，为当事人办理个人事务提供便利。

特殊情形：

在处理过程中，若发现重复（虚假）户口涉及案件在逃或尚未判决、罪犯服刑期间真实身份未查明、有民事纠纷未了结且真实身份未查明等情形，公安机关将暂不注销户口，而是将户口信息锁定或将有关情况移交相关职能部门或报送上级公安机关研究后再作出处理决定。

后续影响及应对：

长期使用的重复（虚假）户口注销后，可能会对您的学历、工作经历、专业成果等产生一定影响。为此，公安机关将依规出具重复（虚假）户口注销证明，为您办理其他社会事务提供方便。同时，建议您在处理完双重户口问题后，及时更新您的个人信息和相关证件，以减少不必要的影响。

综上所述，处理双重身份证有两个户口的问题需要遵循相关法律法规和公安机关的处理原则。建议您积极配合公安机关的调查核实工作，并按照规定办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请咨询当地公安机关或专业律师。