包工头包的活被扣质保金是否合法，取决于具体情况。
如果施工结果符合约定，且通过质检：
- 在这种情况下，扣留质保金是不合法的。因为质保金是为了保证工程质量而预留的，如果工程已经按约完成并通过了相关单位的质检，那么质保金应当按时退还。
如果存在质量问题：
- 如果工程存在质量问题，发包方有权要求包工头返工至合格，并可能依据合同约定扣除部分或全部质保金作为赔偿。在这种情况下，扣留质保金是合法的，但扣除的金额应当与实际损失相符，且需按照合同约定的程序进行。
法律建议：
- 对于包工头而言，应当在签订合同时明确质保金的金额、扣留条件、退还时间等条款，以确保自己的权益得到保障。
- 如果遇到质保金被无故扣留的情况，可以先与发包方进行协商；协商无果时，可以向劳动监察大队或者劳动局举报，或者直接向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。若对劳动仲裁的结果不满，还可以向法院提起诉讼。
综上所述，包工头包的活被扣质保金是否合法，需要根据具体情况来判断。如果施工结果符合约定且通过质检，扣留质保金是不合法的；如果存在质量问题，则可能依据合同约定合法扣留部分或全部质保金。