针对“16岁进少管所会不会留案底”的问题，以下是详细且清晰的解答：

首先，我们需要明确“案底”的含义。在法律上，案底通常指的是一个人的犯罪记录。当一个人犯罪并被法院判处刑罚后，其犯罪记录就会被记录在案，形成案底。

对于16岁的未成年人来说，如果其因犯罪行为被送入少管所（即未成年犯管教所）执行刑罚，那么这意味着其已经构成了犯罪，并且被法院判处了相应的刑罚。因此，在这种情况下，16岁进少管所是会留案底的。

然而，我国法律对未成年人的犯罪记录有特殊的保护规定。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。这意味着，虽然犯罪记录存在，但不会被公开，也不会对未成年人的未来生活产生太大的影响（除非司法机关为办案需要或有关单位根据国家规定进行查询）。

需要注意的是，即使犯罪记录被封存，也并不意味着它完全消失了。在某些特定情况下，如司法机关办案需要或有关单位根据国家规定进行查询时，这些记录仍然可以被查阅。但总的来说，对于未成年人来说，这种封存制度提供了一定程度的保护，以减少其因犯罪记录而受到的歧视或不利影响。

综上所述，16岁进少管所是会留案底的，但该案底在符合一定条件下可以被封存，以减少对未成年人的未来生活的影响。