发票专用章和公章在公司运营中都具有特定的作用和法律效力，但它们之间存在明显的区别。以下是对这两者的详细比较：

一、定义与用途

1. 公章：

   • 定义：公章是公司效力最大的一枚章，代表法人的权利。
   • 用途：除法律有特殊规定外（如发票盖章需使用发票专用章），公章可以用于代表法人意志，对外签订合同及其他法律文件。凡是以公司名义发出的信函、公文、合同、介绍信、证明或其他公司材料，均可使用公章。

2. 发票专用章：

   • 定义：发票专用章是在企业、单位和个体工商户购买和开发票时必须加盖的印章。
   • 用途：根据《发票管理办法实施细则》的规定，通常需要在发票联和抵扣联加盖发票专用章。此章含有公司单位名称、发票专用章字样及税务登记号，专门用于发票的合法性确认。

二、法律效力与重要性

1. 公章：

   • 法律效力：公章具有广泛的法律效力，能够代表公司签署各类法律文件，是公司法人权利的重要象征。
   • 重要性：公章的滥用或遗失可能给公司带来严重的法律风险和财务损失，因此其保管和使用需极为谨慎。

2. 发票专用章：

   • 法律效力：发票专用章在税务管理和发票合规性方面具有重要的法律效力。它是税务部门确认发票真实性的重要依据。
   • 重要性：发票专用章的规范使用直接关系到公司的税务合规性，避免因发票问题导致的税务处罚或法律纠纷。

三、保管者与管理制度

1. 公章：

   • 保管者：通常由公司创业者或其最信任的人（如董事长或总经理）掌管。
   • 管理制度：公司应建立严格的公章管理制度，包括使用审批、登记记录及保管人交接等，确保公章的安全与合规使用。

2. 发票专用章：

   • 保管者：一般由财务部门的发票管理员保管。
   • 管理制度：发票专用章的管理同样需要严格的制度支持，包括使用范围的限制、用印记录的保存及定期的检查等，以确保其仅用于合法的发票业务。

综上所述，发票专用章和公章在定义、用途、法律效力、重要性以及保管者与管理制度等方面均存在显著差异。公司应根据实际需求和法律规定，合理设置并使用这两类印章，以确保公司运营的合规性和安全性。