合作医疗的报销主要涉及到报销比例和报销流程，以下是对这两个方面的详细解答：

一、农村合作医疗保险报销比例

1. 门诊补偿：

   • 在村卫生室及村中心卫生室就诊，可以报销60%的医疗费用；
   • 在乡卫生院就诊，可以报销40%的医疗费用；
   • 在二级医院就诊，可以报销30%的医疗费用；
   • 在三级医院就诊，可以报销20%的医疗费用。

2. 住院报销比例：

   • 在乡卫生院就诊，可以报销60%的医疗费用；
   • 在二级医院就诊，可以报销40%的医疗费用；
   • 在三级医院就诊，可以报销30%的医疗费用。

3. 大病补偿：

   • 凡是参加新农合的住院病人，一次性或全年累计的医疗费用超过5000元以上的部分，是分段进行赔偿的。具体为：5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。

二、农村合作医疗保险报销流程

1. 区内报销：

   • 参加了新型农村合作医疗保险的患者，可凭本人有效证件、医疗卡，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构或区内及区外市内定点医疗机构直接刷卡报销。

2. 市外报销：

   • 在市外2级及2级以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带相关材料（如医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿、经办人身份证）到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

3. 特殊病种门诊报销：

   • 持有2级及2级以上定点医疗机构出具的病例以及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。

4. 意外伤害报销：

   • 因意外伤害的住院患者，出院后需提交由户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。无法提供有效证明及记录的，不予受理。经过新农合调查、审核属实的，将予以报销。若责任由第三方负责，则不予报销。

此外，随着数字化服务的推进，部分地区如山西还提供了线上手工报销申请服务。您可以通过关注“山西医保”公众号，点击底部服务大厅，选择“线上手工报销申请”进行线上报销操作。这一服务极大地方便了参保患者，使得报销流程更加便捷高效。

总的来说，合作医疗的报销流程相对明确，只要按照规定的步骤和要求准备相关材料，就能顺利完成报销。如有任何疑问或困难，建议咨询当地的新农合管理部门或相关医疗机构以获取更具体的帮助和指导。