绿灯最后三秒停车一般不算违章。接下来我将从多个角度对此进行详细解释：

1. 交通法规的旨在：

   • 交通法规的核心目的是保障交通安全与有序。绿灯表示准许通行，但并未强制规定绿灯亮起时车辆必须立即行驶或必须在绿灯结束前通过路口。

2. 绿灯结束前的停车行为：

   • 当绿灯还剩最后三秒时，车辆选择停下等待下一轮绿灯，这是基于安全考量的合理行为。此时停车，只要没有完全越过停止线，是符合交通规则的。
   • 如果车辆已经完全越过停止线，那么继续行驶是合理的，因为不继续前行可能会干扰正常的交通流。

3. 特殊情况下的考量：

   • 在某些特殊情况下，如前方交通拥堵、有突发危险状况或车辆故障等，即使在绿灯亮起时停车，只要驾驶员采取了必要的措施（如打开双闪灯、及时报警等），并且尽量减少了对其他车辆和行人正常通行的影响，那么这种行为通常不会被视为违章。

4. 地区差异与执法尺度：

   • 需要注意的是，不同地区对类似情况的具体规定和执法尺度可能有差异。有些地方对于绿灯闪烁时的短暂停车容忍度较高，而有些交通流量大或管理严格的区域可能会更严格地规范此类行为。

综上所述，绿灯最后三秒停车一般不算违章，但具体还需结合实际情况和当地规定进行综合判断。如果你在具体情境下对此类问题有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。