关于农村违法建房应追究谁的责任，这是一个涉及多个法律主体和监管部门的问题。以下是对此问题的详细解答：
核心结论：农村违法建房的责任追究，主要依据违法行为的性质、情节以及相关法律法规的规定，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责进行查处。
一、责任主体分析
自然资源主管部门：
- 根据《土地管理法》等相关法律法规，自然资源主管部门负责土地的管理和监督工作。对于农村村民违法占用耕地建房的行为，自然资源主管部门有权进行查处，包括责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋、罚款等行政处罚。
农业农村主管部门：
- 农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。对于农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地（包括宅基地和其他类型土地）建住宅的行为，农业农村主管部门同样具有查处职责。这包括责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收在非法占用的土地上新建的房屋等行政处罚。
二、法律责任承担
行政责任：
- 如前所述，违法者将面临自然资源主管部门或农业农村主管部门的行政处罚，包括责令退还土地、限期拆除或没收建筑物、罚款等。
民事责任：
- 若违法占地行为导致土地所有权人、使用权人或其他利害关系人遭受损失，违法者还需承担民事赔偿责任。
刑事责任：
- 若违法占地建住宅的行为情节严重，构成非法占用农用地罪，违法者将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等。
三、实际操作与建议
- 对于农村村民而言，在进行住宅建设前，务必依法申请并获得相关部门的批准，确保用地的合法性。
- 若发现违法建房行为，应及时向当地自然资源主管部门或农业农村主管部门举报，以便相关部门及时查处。
综上所述，农村违法建房的责任追究涉及多个法律主体和监管部门。对于违法者而言，将面临行政处罚、民事责任乃至刑事责任的追究。因此，建议所有计划进行住宅建设的个人或单位，务必严格遵守土地管理法规，确保用地的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。