驾驶摩托车酒后驾驶扣的12分是扣摩托车驾驶证的分，也会影响到汽车驾驶证。具体分析如下：

1. 扣分对象：

   • 根据我国交通法规，驾驶摩托车酒后驾驶，首先会扣除摩托车驾驶证上的分数。摩托车驾驶证和汽车驾驶证虽然都是机动车驾驶证，但它们是分别针对不同类型的车辆颁发的，因此扣分也是分别进行的。

2. 并证影响：

   • 如果你的摩托车驾驶证和汽车驾驶证是并证的，即两个驾驶证合并为一个，那么酒后驾驶摩托车被扣分后，这个扣分记录会体现在你的整体驾驶证上，从而也可能影响到你的汽车驾驶资格。例如，如果因为酒后驾驶摩托车导致驾驶证被扣满12分，你可能需要暂时停止驾驶所有类型的机动车，包括汽车。

3. 法律责任：

   • 酒后驾驶是严重的交通违法行为，不仅会导致驾驶证扣分，还可能面临罚款、拘留等行政处罚。如果酒后驾驶导致交通事故，还可能承担刑事责任。

综上所述，驾驶摩托车酒后驾驶扣的12分是扣在摩托车驾驶证上的，但如果你的摩托车驾驶证和汽车驾驶证是并证的，那么这个扣分记录会对你的整体驾驶资格产生影响。因此，无论驾驶哪种类型的车辆，都应该严格遵守交通法规，避免酒后驾驶等违法行为。