物业公司支付的管道疏通费用，根据会计原则，应当计入公司的主营业务成本进行核算。这是因为物业公司的主要业务之一就是提供物业维护服务，而管道疏通作为其中的一项重要服务内容，其费用支出自然应当与主营业务成本相关联。

具体来说，入账时应当进行如下账务处理：

首先，在借方记录“主营业务成本”科目，这表示物业公司因提供管道疏通服务而发生的成本支出。这一科目用于反映物业公司主营业务所发生的实际成本，是计算公司盈利状况的重要依据。

其次，在贷方记录“银行存款”等科目，这表示物业公司支付管道疏通费用所使用的资金来源。如果费用是通过现金支付，则贷方应记录“库存现金”科目；如果是通过银行转账支付，则贷方应记录“银行存款”科目。

通过这样的账务处理，物业公司可以清晰地了解到管道疏通费用对公司主营业务成本的影响，进而为公司的成本控制、盈利分析以及经营决策提供依据。

综上所述，物业公司支付的管道疏通费用应当计入主营业务成本进行核算，并通过相应的账务处理来反映这一成本支出。