新注册的公司登录自然人电子税务局扣缴端，一般需要按照以下步骤进行：

首先，您需要确定正确的登录渠道。可以通过直接输入国家税务总局的电子税务局网址“https://etax.chinatax.gov.cn/”来访问。请确保您访问的是官方和正确的网址，以保证信息安全。

接下来是注册环节。如果是首次使用，您需要进行注册。在自然人电子税务局WEB端，通常可以选择“大厅注册码注册”的方式。这需要您前往办税服务大厅，携带相关证件（如身份证原件）以获取注册码。获得注册码后，在注册页面填写注册码，并按照提示完善其他必要信息，完成注册过程。

注册成功后，您就可以使用您的账号和密码进行登录了。在登录页面，输入您的用户名（或税号）、密码以及验证码，然后点击登录按钮。如果是首次登录，可能还需要进行一些初始设置，如设置安全问题、绑定手机等，以提高账户的安全性。

登录后，建议您首先完善个人信息和家庭成员信息，这是后续办理税务事项的基础。同时，在“个人信息管理”中，您也可以添加绑定银行卡，方便后续进行税款缴纳等操作。

请注意，具体的操作步骤和界面可能会因地区或系统的更新而有所差异。如果在操作过程中遇到任何问题，建议及时联系税务局的客服人员或前往办税服务大厅咨询，以获取最准确和专业的帮助。

另外，除了WEB端，自然人电子税务局还有APP端，您也可以通过手机应用市场下载“个人所得税”APP，并进行注册和登录。APP端提供了更加便捷的操作方式，可以随时随地进行税务相关操作。不过，无论是WEB端还是APP端，都需要确保您的设备安全，并保护好您的账号和密码，避免信息泄露。